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全市地势低平，平原占总面积的55%，苏州分别隶属于两个一级的自然地理区：长江三角洲平原地区和太湖平原地区，分属于4个二级自然区：沿江平原沙洲区、苏锡平原区、太湖及湖滨丘陵区、阳澄淀泖低地区。地貌特征以平缓平原为上，全市的地势低平，自西向东缓慢倾斜，平原的海拔高度3～4米，阳澄湖和吴江一带仅2米左右。低山丘陵零星散布，一般高100～350米，分布在西部山区和太湖诸岛，其中以穹窿山较高（342米），还有南阳山（338米）、西洞庭山缥缈峰（336米）、东洞庭山莫里峰（293米）、七子山（294米）、天平山（201米）、灵岩山（182米）、渔洋山（171米）、虞山（262米）、潭山（252米）等。
苏州属于亚热带季风海洋性气候，四季分明，气候温和，雨量充沛。属北亚热带季风气候，年均降水量1100毫米，年均温15.7℃，1月均温2.5℃。7月均温28℃。
水文苏州古城境内河港交错，湖荡密布，较着名的湖泊有位于西隅的太湖和漕湖；东有淀山湖、澄湖；北有昆承湖；中有阳澄湖、金鸡湖、*墅湖；长江及京杭运河贯穿市区之北。太湖水量北泄入江和东进淀泖后，经黄浦江入江；运河水量由西入望亭，南出盛泽；原出海的“三江”，今由黄浦江东泄入江，由此形成苏州市的三大水系。由于苏州城内河道纵横，又称为水都、水城、水乡，十三世纪的《马可·波罗游记》将苏州赞誉为东方威尼斯。苏州古城被法国启蒙思想家孟德斯鸠称赞为“鬼斧神工”。